MTA Şehit Cuma Dağ Tabiat Tarihi Müzesi’nde Türkiye’nin ve Dünya’nın çeşitli yerlerinden yaklaşık 2.000 adet mineral ve kayaç örneği sergilenmektedir. Kayaç ve mineral örnekleri MTA’nın yürüttüğü arazi çalışmaları, bağış, takas ve satın alma yoluyla müzeye kazandırılmıştır.

2020 itibariyle Anadolu Medeniyetleri Müzesi’ne verilen envanter sayısı:
Omurgalı: 344
Omurgasız: 1363
Diyorama: 115